Pogostost dezinfekcije stetoskopa je odvisna od scenarija uporabe in okolja:
V običajnih ambulantah, če se stetoskop uporablja samo za splošne bolnike in ni očitne kontaminacije, je priporočljivo, da ga razkužite 1-2-krat na teden.
Na oddelkih, kot so pediatrični in respiratorni oddelki, ki so zlahka izpostavljeni nalezljivim patogenom, ali v posebnih prostorih, kot so oddelki za nalezljive bolezni in enote intenzivne nege, je treba po vsaki uporabi izvesti dezinfekcijo.
Če stetoskop uporablja več različnih pacientov v kratkem času, ga je najbolje razkužiti po vsaki uporabi, tudi če je presledek kratek.
